Un crimine sull'isola viene risolto: è finalmente svelata l'identità del piromane che ha distrutto la zattera di Michael. Shannon è convinta che Locke sia responsabile della morte di Boone e chiede a Sayid "un favore" a riguardo. Mentre cammina nella giungla con Locke, Sayid si convince però che non è lui responsabile della tragedia. Ma Shannon rimane inamovibile e decide di gestire sa sola la situazione.
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La costruzione della zattera è vicina al completamento e Kate chiede a Michael di salpare con lui quando partirà. Durante una pausa dei lavori, Michael viene colto da un dolore fortissimo. Jack lo vista e scopre che è stato avvelenato. Le indagini di Jack e Locke portano a una rivelazione sconvolgente sul passato di Kate.
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Danielle Rousseau sorprende i naufraghi presentandosi al campo con un avvertimento minaccioso: gli "Altri" stanno arrivando. La zattera è finalmente pronta a partire con Michael, Walt, Jin e Sawyer. Quando salpano, un fumo nero appare misteriosamente sull'altro lato dell'isola, un segno dell'arrivo imminente degli "Altri".
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Mentre i naufraghi si preparano a un attacco degli "Altri", Jacke e Locke guidano una spedizione alla roccia nera. Ciò che scoprono all'interno ha conseguenze disastrose per uno di loro. L'equipaggiamento della zattera intanto finisce nei guai quando il timone viene seriamente danneggiato. Sull'isola, il bambino di Claire viene rapito, costringendo Charlie e Sayid a un pericoloso inseguimento nella giungla.
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Mentre inseguono il rapitore, Charlie e Sayid cadono in una trappola. Jack e Locke discutono mentre si preparano a far saltare il boccaporto. L'equipaggiamento della zattera è preso dall'entusiasmo nel momento in cui vengono avvistati da una nave di passaggio, ma la felicità ha vita breve, non appena capiscono che le cose non sono esattamente come appaiono. Sull'isola, il boccaporto è finalmente aperto, e ciò che rileva sorprende i sopravvissuti.
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